Zunächst einmal ist zu unterscheiden zwischen dem Direktverfahren und dem Hausbankverfahren. Bei dem Direktverfahren tritt die ISB, bzw. eine ihrer Tochtergesellschaften, direkt in den Kontakt mit dem antragstellenden Unternehmen. Dies ist im Rahmen aller Zuschussprogramme sowie bei der Vergabe von Kapitalbeteiligungen der Fall. Im sogenannten Hausbankverfahren werden die Fördergelder über die Hausbanken ausgereicht; die ISB (analog: KfW Mittelstandsbank) tritt dabei als Refinanzierungsinstitut auf. Die ISB arbeitet mit allen Banken und Sparkassen zusammen. Die Hausbank nimmt die Förderanträge entgegen und leitet sie an die ISB weiter. Sie verpflichtet sich gegenüber der ISB, die Darlehen fristgerecht zu verzinsen und zu tilgen, und sie trägt das Kreditrisiko. Auf die Kreditentscheidung der Hausbank nimmt die ISB keinen Einfluss; auch nicht darauf, welche Sicherheiten sich die Bank für die Förderdarlehen stellen lässt. Können keine ausreichenden Sicherheiten geboten werden, besteht allerdings die Möglichkeit, den jeweiligen Kredit mit einer öffentlichen Bürgschaft zu unterlegen. Unabdingbare Voraussetzung für eine erfolgreiche Förderentscheidung ist eine fristgerechte Antragstellung. Dies bedeutet, dass vor Investitions- bzw. Projektbeginn der Antrag bei der ISB (bei Zuschussprogrammen und Kapitalbeteiligungen) bzw. der Hausbank (im Bereich zinsverbilligter Darlehen) gestellt sein muss. Als Investitionsbeginn gilt dabei der Abschluss eines ersten, dem Projekt zurechenbaren Lieferungs- bzw. Leistungsvertrages.
